西暦2045年。リン・ミンメイの歌により第一次星間大戦が終結してから35年。新マクロス級7番艦マクロス7を中核とする第37次超長距離移民船団（通稱マクロス7船団）は移民惑星を求め、銀河を旅していた。船団內の居住スペースには、地球と変わらぬ町並みが再現されており、100萬人以上の市民が平和な日々をすごしていたが、ある日船団は正體不明の敵の奇襲を受ける（バロータ戦役）。彼らに「スピリチア」と呼ばれる生命エネルギーを奪われた兵士や市民は「生きる気力」とも言うべきものを失い、果ては生命活動を脅かすほどまでに影響を與える。 そんな中、ロックバンド「FIRE BOMBER」のボーカル・熱気バサラは、愛機VF-19改（ファイアーバルキリー）で戦場に亂入し、戦うことなく歌を歌い続ける。その行為に対しマクロス7を守る統合軍のエリートパイロット・ガムリン木崎は特に強い不...